Les colonnes SPE peuvent être classées, en utilisant la pratique de la HPLC, comme suit : type phase inverse, type phase normale, type échange d'ions et type mode mixte. Si l'échantillon est aqueux (comme l'eau, l'urine, le plasma, le jus), les colonnes C18 (type phase inverse) sont le plus souvent utilisées. Si l'échantillon est dans des solvants organiques, il faut utiliser une colonne à phase normale (Florisil, gel de silice, alumine, etc.).