Lorsque l'élution se fait par gravité, l'air présent dans le sorbant peut modifier la trajectoire des solvants et réduire l'efficacité de l'extraction. Dans la pratique standard de l'ancienne chromatographie sur colonne, le sorbant doit être recouvert en permanence de solvant pour éviter les bulles d'air. Cependant, dans la nouvelle pratique SPE, les particules de sorbant sont beaucoup plus petites et l'élution est effectuée par une pompe ou une pression. Les bulles d'air dans le sorbant peuvent être expulsées rapidement. Ce n'est donc plus un problème. En fait, la colonne est souvent purgée à l'air pour l'échange de solvants.