Une colonne SPE usagée piège les composants de la matrice de l'échantillon et les particules ou les grosses molécules (comme les acides humiques et les protéines) peuvent également bloquer la colonne. Une colonne SPE peut être réutilisée dans deux cas : 1) la matrice de l'échantillon est simple, de sorte que la capacité de la colonne n'est pas entièrement utilisée ; ou 2) les interférences piégées de l'échantillon peuvent être éliminées. Dans le second cas, seule la colonne C18 permet d'éliminer facilement les interférences piégées dans l'échantillon. Pour les colonnes à phase normale et les colonnes à échange d'ions, l'élimination des composants piégés n'est pas facile. En général, si vous utilisez une colonne en phase inverse et que votre échantillon est propre, vous pouvez régénérer la colonne pour un usage répété.