Le solvant d'activation doit être capable de bien mouiller le sorbant de la colonne SPE et être compatible avec le solvant d'équilibrage. Pour les colonnes de type phase inverse, le méthanol, l'iso propanol ou d'autres solvants polaires peuvent être utilisés. Pour les colonnes de type phase normale, on peut utiliser de l'hexane, du toluène ou d'autres solvants de faible polarité. Les solvants d'équilibrage doivent être compatibles avec le solvant d'activation, bien mouiller le sorbant et avoir un faible pouvoir d'élution. Si le pouvoir d'élution est élevé, le composé ciblé ne sera pas bien piégé sur la colonne. Pour une colonne en phase inverse, l'eau ou une solution tampon est souvent utilisée pour l'équilibrage. Pour les colonnes en phase normale, un solvant de faible polarité est souvent utilisé pour l'équilibrage. Les solvants utilisés pour la collecte doivent être compatibles avec le solvant d'élution précédemment utilisé, peuvent éliminer les composés ciblés avec un petit volume et sont faciles à évaporer.